Οι περισσότερες από τις ανθρώπινες δραστηριότητες μας αφήνουν ίχνη στο νερό (συγκοινωνίες, βιομηχανία, ανθρώπινα απόβλητα κλπ). Οι γεωργικές δραστηριότητες συμβάλλουν στη ρύπανση των υδάτων μέσω των φυτικών θρεπτικών συστατικών (κυρίως αζώτου και φωσφορικών) και Προϊόντων Φυτοπροστασίας (ΦΠ).
Με βάση πολυάριθμες μελέτες, υπάρχουν δύο διακριτές οδοί: οι Σημειακές Πηγές Ρύπανσης και οι Διάχυτες Πηγές Ρύπανσης.
Οι σημειακές πηγές ρύπανσης σχετίζονται με τη διαχείριση των φυτοπροστατευτικών προϊόντων πρωτίστως στις εγκαταστάσεις του αγροκτήματος. Τα κύρια πεδία κινδύνου είναι ο καθαρισμός, το γέμισμα των ψεκαστικών καθώς και η διαχείριση του αραιωμένου ψεκαστικού διαλύματος που προκύπτει εξ αιτίας της εκκένωσης και του καθαρισμού των ψεκαστικών μηχανημάτων στο αγρόκτημα καθώς και οι άδειες συσκευασίες φυτοπροστατευτικά προϊόντα όταν δεν διαχειρίζονται με τρόπο ενδεδειγμένο.
Από την άλλη πλευρά, οι κυριότεροι κίνδυνοι λόγω εισόδου των φυτοπροστατευτικών προϊόντων στα ύδατα από διάχυτες πηγές ρύπανσης σχετίζονται αφ’ ενός με την απορροή και τη διάβρωση του εδάφους στον αγρό εξ’ αιτίας: 1) των δυσμενών καιρικών συνθηκών (κατά ή αμέσως μετά τον ψεκασμό), 2) της απουσίας ή της πλημμελούς λειτουργίας του συστήματος αποστράγγισης (ειδική μορφή απορροής τοπικής σημασίας) και αφ’ εταίρου με τη διασπορά του ψεκαστικού νέφους (εναπόθεση των μικρών σταγονιδίων εκτός της ψεκαζόμενης επιφάνειας-στόχου λόγω της επίδρασης του ανέμου και άλλων παραγόντων που σχετίζονται με τη μη ορθή χρήση και ρύθμιση του ψεκαστικού μηχανήματος αλλά και των φυτοπροστατευτικών προϊόντων).
Από τις άνω πηγές, φαίνεται ότι οι σημειακές πηγές έχουν τη μεγαλύτερη συμβολή στην παρουσία των φυτοπροστατευτικών στα ύδατα. Από την άλλη πλευρά, από τις διάχυτες πηγές η διασπορά του ψεκαστικού νέφους φαίνεται να έχει τη μικρότερη συμβολή, σε σχέση με άλλες οδούς, όπως είναι η επιφανειακή απορροή.